申告と納付が分離できても   

税制を担保するためのペナルティ
納税者が税法に従って税額を計算し申告することで納税額が確定する納税方式のことを申告納税方式といい、法人税、所得税、相続税など国税の主なものがこの方式によっています。
申告納税方式では納税者が期日までに正しく申告することが大前提となりますので、「期日までに申告がなされなかった」「納税が遅れた」その他の場合にそれ相応のペナルティーが課されます。

申告に加算税、納税に延滞税
申告が法定申告期限までになされなかった場合のペナルティーに相当するものが無申告加算税です。
原則として納付すべき税額の１５％ですので、本税が多額の場合には極めて重いものとなります。
逆に本税がゼロであれば金額的には痛くも痒くもありません。
納税が遅れた場合のペナルティーが延滞税です。
こちらは原則として年１４.６％と金利としては高いですが、日割り計算ですので数日の遅れであれば大きな痛手にはならないでしょう(短期間であれば４％程度になります)。

源泉税はダブルパンチ
源泉所得税を正当な理由なく期限までに納付しなかったときにかかるのが不納付加算税です。
納税の告知がある前に納付すれば５％ですみますが、そうでなければ本税の１０％で、滞納日数に応じた延滞税とのダブルパンチになります。
源泉所得税は納付書が申告書も兼ねています。
納税資金がないからせめて申告書だけでも提出して加算税を逃れようということができません。
源泉税の納付書を電子申告で提出することができるようにはなりましが、そもそも「不納付」に対する加算税なので納付書だけ送れたところで効果はないようです。